Dans l'antiquité grecque et romaine, l'étang de Berre joue un rôle de premier plan et permet d'acheminer de manière plus sûre et moins coûteuse que par la route, les chargements volumineux ou lourds. Sa position lui permet de se positionner comme l'avant port des villages alentour et de Salon dont il constitue le point d'accès le plus proche.
Puis au fil du temps, d'Arles et d'Avignon. Au XVIIIe siècle, Saint-Chamas draine toujours l'activité commerciale de tout le pays Salonnais. Mais l'envasement du font de l'étang, causé par les alluvions charriés par le canal des moulins (dit de la poudrerie) compromet dangereusement le trafic, si bien que la création d'un port devient la seule issue pour préserver l'activité. Un chantier s'ouvre en 1775. Mais il fût contraint d'être abandonné.

Les infrastructures sont remises en état entre 1840 et 1842. Mais son coût d'entretien est trop élevé. En 1859, sous Napoléon III, la ville cède gratuitement à l'administration maritime une bande de terrain de 20m autour du port et de 10m le long du chenal, à charge pour celui-ci de l'entretenir. Il est alors agrandi. A noter que les matériaux des édifices et des remparts du premier village sur le Baou sont recyclés dans la construction du nouveau bourg côté Pertuis et que les pierres de l'ancienne église sont utilisées pour bâtir les quais du port.

Durant la Grande Guerre, son activité est intense mais à la sortie de cette dernière, la pêche prend le dessus sur le commerce. La pêche aux moules est l'activité dominante mais l'ouverture de la centrale EDF empêche de la poursuivre. Depuis le port s'est spécialisé dans la pêche aux anguilles.